Edhe pse kontrollet doganore po shkojnë drejt automatizimit dhe analizës së riskut, kontrolli fizik vijon të ushtrohet me intensitet të lartë dhe për më tepër, kostot e kontrolleve paguhen nga bizneset.

Të përfshira në një anketim të Këshillit të Investimeve, kompanitë kanë pohuar se kur kalojnë për kontroll të detajuar fizik, mbartin kostot përkatëse të ngarkim/shkarkimit të mallit (edhe sipas legjislacionit doganor kostot e ngarkimit dhe shkarkimit të mallit gjatë procedurave të kontrollit fizik përballohen nga operatori ekonomik).

Bizneset shprehen se ambientet ku bëhet kontrolli fizik janë të papërshtatshme në pjesën më të madhe të degëve doganore, duke rritur rrezikun e dëmtimit të mallrave, qoftë për shkak të kushteve atmosferike, edhe për shkak të natyrës së mallrave të importuar (si p.sh., artikuj ushqimorë).

Por sipas DPD-së, është e preferueshme që kontrollet fizike të bëhen në ambientet e degëve doganore, pasi kështu parashikohet në legjislacionin doganor dhe gjithashtu, mundësohet një monitorim më i mirë i kontrolleve, kryesisht në degët doganore, të cilat janë të pajisura me sistemin 24 orë të monitorimit me kamera. Doganat kanë sqaruar se procedurat e kontrollit në ambientet e operatorëve ekonomikë, autorizohen kryesisht për mallra që prishen apo që kanë nevojë për kushte specifike kontrolli (p.sh., temperaturë të kontrolluar).

Sipas procedurës së doganave, kontrollet fizike kryhen nga sistemi i menaxhimit të riskut në bazë të treguesve (kompania, klasifikimit tarifor, origjina, procedura, etj.).

Kontrolli fizik kryhet, duke u nisur nga përzgjedhja e deklaratës në sistem në kanal të kuq dhe nënkupton kontrollin në tërësi të ngarkesës në praninë e një Oficeri Doganor dhe në raste të veçanta në këtë kontroll mund të jenë të pranishëm përfaqësues nga Antikontrabanda.

Sipas DPD-së, me zbatimin e sistemit të riskut, numri i kontrolleve fizike ka rënie duke arritur në nivelin 7.6% të deklaratave doganore, për 3-mujorin e parë të 2017, krahasuar me 13.9% të po së njëjtës periudhë të vitit 2016.

Megjithatë, ky raport mbetet relativisht i lartë krahasuar me praktikat europiane të kontrolleve mbi bazë të analizës së riskut që variojnë në nivelet nga 3% deri në 5%.

Ndërsa bizneset, nga ana tjetër, kanë shprehur shqetësim për numrin e lartë të kontrolleve, burokracitë e pajustifikuara për paraqitjen fizike të një sërë dokumenteve (mungesa e një sporteli unik); klasifikimin tarifor të mallrave; mosçlirimin e garancive doganore brenda afatit ligjor; mungesën e një mekanizmi efikas të trajtimit të ankimeve administrative në DPD; tarifën e skanimit etj.